从左到右：原始图像，8位灰度，阈值图像，粒子分析。
去年秋天，我与Glor Lab的研究生Julienne Ng合作，开发了一种测量秤的数量和大小的方法。 Anolis 蜥蜴。我们希望确定栖息地的温度和湿度与规模大小之间是否存在关系。下面是我们使用ImageJ开发的方法，该方法可以近似缩放比例的数量和这些比例的面积。
- 在ImageJ中打开蜥蜴标本的腹侧的.jpg图像。确保您的图像包含已知长度的比例尺。
- 在比例尺的一个单位上画一条线。
- 选择“Analyze – Set Scale.”输入已知的距离和单位。工具栏上的测量现在将使用已建立的单位。
- 选择an area of the lizard stomach that is 0.30 cm x 0.30 cm. Select “Image – Crop.”
- 现在您已经有了标准化的图像，您需要更改图像的格式，以便可以清楚地区分比例尺。选择“Image – Type – 8-bit.”
- 选择“Image – Adjust – Threshold.” Select “Dark background” and click “Apply.”您的图像现在应该是黑白的比例尺图案。
- 选择“Analyze – Analyze Particles.”在下一个窗口中，将粒径设置为0.0001–无限。确保“Display results” and “Summarize”被检查。选择“Show: outlines.”
- 新的窗口将显示图像的新版本，指示每个编号的比例尺。 “结果”窗口将列出每个比例尺及其面积，并且可以导出为Excel电子表格以进行进一步分析。
这个过程显然仍处于初步阶段，但是我们’对于我们到目前为止所取得的进展感到非常兴奋。有没有其他人尝试过这样的事情？有人对改进我们的方法有建议吗？
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加布里埃尔·加特纳
你好
在Losos实验室中，我们为一个非常相似的项目采用了几乎相同的方法，因此我们应该聊天！我还简单地计算了解剖范围内的腹标尺行（这很乏味，但非常可重复）。
我使用imageJ技术时遇到的一个问题，尽管背侧标尺比腹侧标尺更多，但除非照明非常均匀，否则您将在阈值设置步骤和隔离单个标尺方面遇到问题。你们在这方面有很多成功吗？
干杯，
加布里埃尔
吴
很高兴得知您也想出了类似的方法！到目前为止，我们只是侧重于腹部秤，主要是因为我们正在扫描仪床上扫描标本，而腹侧是使用此技术能够在平坦平面上获得的唯一一侧。但是，我们最初确实进行了一些背侧扫描，当然，在较暗的标度和阈值阶跃下，当然也很难。我们避风港’尽管很不幸，它还是花了很多时间’提出解决方案！
塔玛拉·泰特斯（Tamara Fetters）
你好
I’我一直在研究背鳞的图片和我最好的方法’发现要隔离单个秤的方法是按照上述说明进行操作，直到完成步骤4（选择蜥蜴胃的区域为0.30 cm x 0.30 cm。选择“图像–裁剪”。）此时，我将选择“Process – Sharpen”。然后继续上述操作，直到完成第6步（“选择“图像–调整–阈值”。选择“深色背景”，然后单击“应用。”）。完成此步骤后，我将选择“流程-二进制-分水岭。”这应该通过在感觉分离的地方添加一条线来分离合并在一起的粒子。然后，当您继续分析粒子时，应更清楚地定义比例。这也使您不必担心在阈值步骤期间完全隔离刻度，因此您可以得到更准确的刻度区域。
我知道这个线索来自一年多以前，但是在寻找一种方法来测量刻度的数量/面积时，我偶然发现了这个线索，并认为此信息可能对其他人有帮助。
干杯!
塔玛拉·泰特斯（Tamara Fetters）
另外，请记住，是否要锐化图像在很大程度上取决于所拥有的图像。有时候’最好将其锐化，有时’最好调整对比度，有时’最好别管它。