使用ImageJ分析比例

从左到右:原始图像,8位灰度,阈值图像,粒子分析。

去年秋天,我与Glor Lab的研究生Julienne Ng合作,开发了一种测量秤的数量和大小的方法。 Anolis 蜥蜴。我们希望确定栖息地的温度和湿度与规模大小之间是否存在关系。下面是我们使用ImageJ开发的方法,该方法可以近似缩放比例的数量和这些比例的面积。

  • 在ImageJ中打开蜥蜴标本的腹侧的.jpg图像。确保您的图像包含已知长度的比例尺。
  • 在比例尺的一个单位上画一条线。
  • 选择“Analyze – Set Scale.”输入已知的距离和单位。工具栏上的测量现在将使用已建立的单位。
  • 选择an area of the lizard stomach that is 0.30 cm x 0.30 cm. Select “Image – Crop.”
  • 现在您已经有了标准化的图像,您需要更改图像的格式,以便可以清楚地区分比例尺。选择“Image – Type – 8-bit.”
  • 选择“Image – Adjust – Threshold.” Select “Dark background” and click “Apply.”您的图像现在应该是黑白的比例尺图案。
  • 选择“Analyze – Analyze Particles.”在下一个窗口中,将粒径设置为0.0001–无限。确保“Display results” and “Summarize”被检查。选择“Show: outlines.”
  • 新的窗口将显示图像的新版本,指示每个编号的比例尺。 “结果”窗口将列出每个比例尺及其面积,并且可以导出为Excel电子表格以进行进一步分析。

这个过程显然仍处于初步阶段,但是我们’对于我们到目前为止所取得的进展感到非常兴奋。有没有其他人尝试过这样的事情?有人对改进我们的方法有建议吗?

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4 Comments

  1. 加布里埃尔·加特纳

    你好

    在Losos实验室中,我们为一个非常相似的项目采用了几乎相同的方法,因此我们应该聊天!我还简单地计算了解剖范围内的腹标尺行(这很乏味,但非常可重复)。

    我使用imageJ技术时遇到的一个问题,尽管背侧标尺比腹侧标尺更多,但除非照明非常均匀,否则您将在阈值设置步骤和隔离单个标尺方面遇到问题。你们在这方面有很多成功吗?

    干杯,
    加布里埃尔

  2. 很高兴得知您也想出了类似的方法!到目前为止,我们只是侧重于腹部秤,主要是因为我们正在扫描仪床上扫描标本,而腹侧是使用此技术能够在平坦平面上获得的唯一一侧。但是,我们最初确实进行了一些背侧扫描,当然,在较暗的标度和阈值阶跃下,当然也很难。我们避风港’尽管很不幸,它还是花了很多时间’提出解决方案!

  3. 塔玛拉·泰特斯(Tamara Fetters)

    你好

    I’我一直在研究背鳞的图片和我最好的方法’发现要隔离单个秤的方法是按照上述说明进行操作,直到完成步骤4(选择蜥蜴胃的区域为0.30 cm x 0.30 cm。选择“图像–裁剪”。)此时,我将选择“Process – Sharpen”。然后继续上述操作,直到完成第6步(“选择“图像–调整–阈值”。选择“深色背景”,然后单击“应用。”)。完成此步骤后,我将选择“流程-二进制-分水岭。”这应该通过在感觉分离的地方添加一条线来分离合并在一起的粒子。然后,当您继续分析粒子时,应更清楚地定义比例。这也使您不必担心在阈值步骤期间完全隔离刻度,因此您可以得到更准确的刻度区域。

    我知道这个线索来自一年多以前,但是在寻找一种方法来测量刻度的数量/面积时,我偶然发现了这个线索,并认为此信息可能对其他人有帮助。

    干杯!

    • 塔玛拉·泰特斯(Tamara Fetters)

      另外,请记住,是否要锐化图像在很大程度上取决于所拥有的图像。有时候’最好将其锐化,有时’最好调整对比度,有时’最好别管它。

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