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使用经验证据和模拟来解开脊椎动物基因组中转座子动力学的决定因素

PLOS遗传学
资产阶级,Ruggiero,Hariyani和Boissinot

作者摘要

转座因子(TEs)是可复制并插入基因组中的可移动DNA序列。这样,它们可以破坏基因功能和减数分裂过程,但也可以产生进化上的新颖性。然而,目前尚不清楚不同的过程(例如,不同的转座速率,TEs的选择,连锁的选择和基因组特性)如何相互影响。在这里,我们使用绿色的anole(Carolinensis)作为模型,因为它具有脊椎动物(包括非LTR反转录转座子,LTR-逆转座子,DNA转座子和SINE)中发现的TE多样性最高的物种之一。通过研究这些不同类别的TE的种群基因组学 同一物种内,我们能够将TE进化枝特有的过程与与漂移和选择有关的一般过程区分开。为此,我们在基因组环境中使用TE的模拟来解释重组率与统计数据之间的关联,从而总结TE的多样性和丰度。我们的研究结果突显了进化枝之间TE动力学的明显差异,SINE / DNA转座子与LTR-Retro转座子/长线之间存在明显的二分法。这些差异主要可以通过选择对TE的相对影响,链接选择和插入偏好的变化来解释。

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