Category: 新研究 第1页，共64页

图1. J. Losos在我们的一个实验性小岛上的一些研究小组成员的照片

感谢尼克所做的 新的研究岗位 when our paper “消费者对偏远地区和相连地区的实验性脉冲补贴的反应” 第一次出来。在这里，我想给出一些出版的背景故事（所有观点都是我自己的）。

总体来说，这是一次史诗般的实验：52个实验单元，4年以上的工作量，数千人/分钟的蜥蜴调查，数千个稳定的食物网同位素样本，几吨的海藻和一次飓风将其全部冲走。

我认为关于本文的最有趣的事情是我们没有找到期望的结果。

对于某些生物学背景，进行荟萃分析（杨等。 2010年）在很大程度上是通过观察研究发现，当消费者通过聚集和再生产对资源脉动（简短，不可预测的资源过剩时期）做出响应时，人口增长最快。为了检验没有聚集的数值响应会更慢和更小的预测，在本研究中，我们在大陆上操作了海藻（如我们先前的研究，例如 Spiller等。 2010年, 赖特等。 2013） 还有 非常 在生态时间尺度上不可能聚集的小岛（图1）。

尽管更大 N 这次，我们没有在Spiller等人的文章中复制在大陆上的数值响应。 （2010）。换句话说，更多的海藻并没有导致大陆上更多的蜥蜴。相反，我们看到小岛屿上人口迅速增加。我们确实重复了饮食变化的时间和幅度，表明蜥蜴正在消耗补贴的资源。因此，即使相同的研究人员对相同物种使用相同方法，资源脉冲是否能够转化为更多个体也取决于上下文。在讨论中，我们讨论了造成这些差异的原因。

现在，我写这篇文章的主要故事是：如果您获得不整洁，不确定的结果，会发生什么？顶级生态杂志上的第一批评论对问题的普遍性以及实验的现实时空尺度都非常积极。我们因无法解释机制而被拒绝；很公平。然而，同样的批评 即使我们有确认的结果也将是真实的。我不’认为我们本来会得出这样的批评，或者至少不会对社论的决定产生如此大的影响，并产生肯定的结果。接下来，我们在第二层生态期刊上进行了尝试，并被拒绝，未经审查。

我对本文进行审阅的那一年任职期满。几乎可以接受的唯一方式是，重新回到第一本期刊并接受他们最初的提议，将其分流到仅在网上发表的姊妹期刊。鉴于过去的不同取舍，我过去很高兴地提出了这一要求。在这种情况下，我认为拒绝的主要原因是不确定的结果，我坚决认为这不会损害论文的质量。对我来说，好的科学是通过好的设计来提出好的问题（即扎根于理论）；论文的价值并不取决于研究的结果。我向部门的一些高级教授征求意见，并得到了“已发表的论文总比没有好”和“不管任期长短都要做。”我之所以选择后者，是因为那时候我觉得一篇论文不会在过去的五年中做出或破坏我的各种贡献。

我决定尝试下一个 美国博物学家 有几个原因。一，他们 清单 作者的信号与我的信号相似，例如表明该研究是否已预先注册。另一个是偶然的机会，现任EIC的Dan Bolnick参加了我在ESA会议上的会议。丹宣布他将举行“office hours”促进向 安纳特。我以前从未向过编辑介绍过论文，但是这使我变得更容易，因为（也是偶然的）我认识研究生院的Dan。

我给了丹2分钟的时间，强调我们取得了意想不到的结果’不能完全解释。他的回答是：“我同情……”，我为有礼貌的拒​​绝做好了准备。但是他的意思是他 从字面上看 很同情他，因为他进行了一项研究，结果发表在了知名期刊上，但后来证实并证实了更多的结果，但后来又证实了这一点，因此又重复了几层。他鼓励我提交（当然不做任何保证），我力求做到我们的意想不到的结果和缺乏重复性，从求职信到补充材料，要尽可能透明。这仍然是一个艰难而漫长的审查过程，并且该论文有几个实际的局限性，但令我欣慰的是，该论文按计划，优点和全部优点无一例外地进入了顶级期刊。

我认为我们还没有看到生态系统的复制危机，原因有两个。一是由于诸如许多原因，很少重复进行大批量实验，例如我们的脉冲补贴研究；二是因为生态学家非常适应上下文相关性。但是，由于真正的生物学差异（有助于理解（如我在论文中就是这种情况））与困扰其他学科的统计问题相比，缺乏复制的频率有多高？经常教会生态学家，通过改写为“讲故事，”冒着以下风险 哈克， one of the 再现性危机的四个骑士。确认结果的首选项有助于推动这些实践。在我们的研究中，问题，假设和设计基本上已预先注册在为工作提供资金的赠款中，并且无论结果如何，始终致力于计划是抵御风险的最佳辩护。 分叉路径的花园。 

至于最初很少重复进行的研究，我对恢复研究的评论感到困扰。 沃恩与杨（2010） 发现少于5％的研究是在超过一年的时间内启动的，而使用多年的研究中有76％的研究在不同的年份发现了不同的结果。对我来说，这意味着我们不应过多地研究单一研究，而应更多地关注复制而不是新颖性，并且我们无法复制Spiller等人的某些结果。 2010是一项功能，而不是错误！

如果您有兴趣了解有关此系统的更多信息，请查看 Piovia-Scott等。 2019年 这表明蜥蜴自上而下控制的强度在脉冲过程中可预测地变化。

Richard Glor摄

圆角茴香，北加勒比树皮anole，可能是最受读者欢迎的 Anole年鉴 因为它在人群中的露丝颜色具有显着的可变性。阿尔伯特·施瓦茨（Albert Schwartz）主要基于去皮色的这些差异，出版了一部专着，描述了分布在西班牙裔和巴哈马群岛的18个亚种（1968）。大量的亚种及其起源问题帮助建立了 圆角茴香 作为研究茴香物种最有趣的案例之一。做亚种 圆角茴香 代表地理图案的去皮颜色变化？还是说，亚种是进化上孤立的世系，值得拥有物种地位？

分子遗传数据显示了几个遗传上不同的种群 圆角茴香 似乎处于物种形成过程的不同阶段。但是，除了 A. d. 葡萄状 和 A. d. Favillarum，这些遗传上不同的群体与Schwartz所描述的亚种不符，相对于地理学而言，它们比露角颜色变化的模式更好（日内瓦等。 2015年）。最近，使用全基因组标记和多聚类物种定界方法， MacGuigan等。 （2017） 确定了六个候选物种 A.distichus。但是，作者没有更新分类法，因为候选物种之间的界限仍然不清楚。

为了清除这些界限， 我们测试了MacGuigan识别出的候选物种是否可以通过形态特征来区分。由于Schwartz在他的专着中考虑了鳞片计数以及去皮和体色模式，并且无法恢复任何诊断差异，因此我们专注于形态特征，并从500多只动物中测量了13个特征（在Dryad上可用）。我们进行了单变量和多变量分析，以测试（a）是否有任何单个字符可以区分候选物种； （b）综合考虑的字符是否可以区分候选物种。由于候选物种分布在整个西班牙裔的父系家庭中，因此地区信息具有帮助诊断的潜力。为了解决这个问题，我们对所有候选物种进行了比较，仅对可能接触的候选物种对进行了比较。  

尽管方差分析恢复了平均字符值的显着差异，但对小提琴图的目测表明，它们均无法诊断出任何候选物种。判别函数分析（DFA）显示了一些候选物种的聚类，但是在多元空间中仍然存在大量重叠，并且候选物种的诊断准确性较差。当要求DFA仅对可能同时出现的候选物种对之间的个体进行分类时，而不是对所有候选物种进行分类时，DFA确实更准确。最终，我们仍然拒绝这样的假设，即由于我们的采样差距和候选物种之间的总体相似性，可以基于形态计量数据集区分候选物种。

Myers等人的单变量和多变量结果。 （2020）。 （A）口鼻长度和头部宽度这两个字符的小提琴图示例。 （B）DFA结果的多元图。

由于单变量和多变量分析均未恢复对可以通过形态计量特征区分候选物种这一假设的支持，因此我们决定测试数据支持的物种数。我们通过使用正常混合模型的模型拟合方法测试了其他物种划界方案（Cadena等。 2018年）。正常混合物模型认为形态变异由不同正态分布的混合组成，与DFA不同，它不需要将个体分配到不同的组 先验。我们测试了对指定多达12种物种的模型的支持，并将对这些通用模型的支持与对MacGuigan候选物种和Schwartz的亚种的模型进行了比较。最佳支持的普通混合模型指定了两个组：但是，该模型指定了一个包含489个个体的组，另一个包含24个个体的组，并且没有明显的地理趋势。我们仔细研究了用于估计这些模型的主要成分，并确定纵向和纵向耳孔直径是推动这一结果的原因。我们删除了它们，并使用减少的数据集进行了正常的混合物模型分析，并恢复了一个形态组。

是 圆角茴香 只有一种？候选物种是否缺乏区别特征？我们都不愿意得出任何结论。我们的线性形态计量特征数据集无法区分候选物种，但是将来可能具有表型变异其他方面的数据集，例如几何形态计量学。与以前的分子遗传学研究相比，具有更大范围的地理采样的更大的基因组规模数据集，也将有助于解决物种边界的问题。 A. Distichus。我们还讨论了为什么我们无法恢复明显的形态差异的一些可能性，其中包括整个西班牙裔环境异质性景观的局部适应导致形态计量学变异与候选物种边界不一致。 Ng等。 （2013年） 发现在 A.distichus 与蜥蜴的局部环境信号条件有关，这可以解释为什么露皮的颜色与蜥蜴的进化谱系不符。我们考虑的许多形态特征（例如肢体长度）会影响生态性能，并且可能对选择压力产生类似的响应。 

我们无法解决混杂的分类法 圆角茴香 在本文中，但我很喜欢这个项目，并发现它是非常有价值的第一本出版物。作为该项目的一名本科生，我能够去多米尼加共和国捕蜥蜴两次，并且我们能够积累一个庞大且地理上全面的数据集。研究这个混杂的蜥蜴群的分类法，使我意识到了我对物种形成的兴趣，我计划在博士学位中进一步追求这一点。许多朋友和合作者通过协助实地调查并提供有关手稿的投入，为该项目提供了帮助。当然，没有我的合著者和导师彼得罗·德梅洛和里奇·格洛，这项工作是不可能的. 

参考文献

Cadena，C.D.，F.Zapata和I.Jiménez。 2018。使用表型数据进行物种划界的问题和观点：达尔文雀雀的亚特兰大进化。 Syst。生物学67：181–194。

日内瓦，A。J.，J。希尔顿，S。Noll和R. E. Glor。 2015年。西班牙裔和巴哈马族主动脉的多基因组系统发育分析（Distichus 种组）。大声笑系统发育进化87：105–117。

MacGuigan，D.J.，A.J.Geneva和R.E.Glor。 2017.对一组高度多态的Anole进行物种边界和杂交的基因组评估（Distichus 物种复合体）。 Ecol。进化7：3657–3671。

Myers，T. C.，P。L. H. de Mello和R. E. Glor。 2020年。形态学评估了一个宽大的蜥蜴（Squamata：Dactyloidae）中的物种边界。生物学J·林恩Soc。 130：813-825。

Ng，J.，E.L.Landeen，R.M.Logsdon和R.E.Glor。 2013。 Anolis 蜥蜴的去皮表型和环境变化表明对性选择和物种识别很重要的信号的自适应发散。进化67：573–582。

Schwartz，A.，1968年。 圆角茴香 在巴哈马群岛和伊斯帕尼奥拉应对（Lacertilia，Iguanidae）。公牛。穆斯比较Zool。 137：255–309。